La investigación de la administración de Vicente Bataglia en IPS, ordenada por el fiscal general, Emiliano R. Fernández, exige como primer paso la definición de un plan de acción, lo que todavía no hicieron los fiscales designados para el efecto. El equipo especial está integrado por los fiscales Jorge Arce, Luis Piñánez, Rodrigo Estigarribia, Diego Arzamendia y Néstor Coronel para realizar las pesquisas.
El citado equipo tiene como punto de partida el informe divulgado por la Contraloría General de la República, que detectó numerosas irregularidades. Bataglia se puso a disposición del Ministerio Público para el efecto y nombró al ex juez, Andrés Casati, para su abogado.
Luis Piñánez, uno de los fiscales, dijo que el equipo analizará el informe de la Contraloría que la propia autoridad del IPS presentó ante el Ministerio Público como su denuncia. «Necesitamos reunirnos los fiscales para diseñar la investigación que debemos hacer. Esto recién empieza. Todavía no estamos en condiciones de decir qué hechos son los más relevantes», dijo Piñanez a través de la Radio 1° de Marzo.
En su informe, la Contraloría indicó que el IPS realizó pagos por valor de 1 billón de guaraníes sin respaldo documental. Algunos de los datos del frondoso documento señala que se gastaron G. 1.122.881.351.987 en 25 obras que contaban con actas de recepción definitivas, pero seguían como obras en ejecución.
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También se gastaron G. 62.033.785.562 en obras del 2003 al 2016 que aparecen como en ejecución y no se conoce si se terminaron o continuaron. Además, se gastaron G. 14.380.316.431 en obras que fueron cargadas dobles como en estado de ejecución y G. 1.432.421.473 es la diferencia entre las obras certificadas y realizadas en el Hospital Ingavi.
El nuevo director de IPS, Jorge Brítez, es el principal denunciante, que se basó en el informe de la Contraloría.